U ovom članku ćemo pokriti najbolji besplatni softver za molekularno modeliranje^{(Molecular Modeling software)} za Windows 10 PC. Koristeći ovaj besplatni softver, možete stvoriti modele raznih jednostavnih do složenih kemijskih spojeva. Ova zbirka softvera korisna je studentima bioinformatike, kemijskog inženjerstva itd. Možete dodati različite elemente iz periodnog^{(Periodic Table)} sustava kako biste formirali kemijski spoj. Štoviše, u ovom softveru također možete vidjeti kemijski spoj u različitim stilovima, kao što su žičani okvir, lopta i štap, cijevi, lopta i cilindar^{(wireframe, ball and stick, pipes, ball and cylinder)} i još mnogo toga.

Softver za molekularno modeliranje^(Modeling) za Windows 10

Neki od tih softvera također uključuju različite kemijske skupine i strukture za vašu udobnost. Jednostavno^(Simply) ih odaberite i vaš je kemijski model spreman. Primjeri kemijskih skupina uključuju  alkohole, benzen, aldehide, aminokiseline^{(alcohols, benzene, aldehydes, amino acids)} itd. Osim toga, možete raditi i kemijske izračune poput  energije, duljine veze^{(energy, bond length)} itd.

1. Avogadro
2. MoluCAD
3. ArgusLab
4. Ascalaph dizajner

Pogledajmo ih.

1] Avogadro

 Avogadro  je izvrstan besplatni softver za molekularno modeliranje koji dolazi s obiljem značajki. Njegovo korisničko sučelje olakšava razumijevanje za korisnike. Kada pokrenete softver, vidjet ćete crni zaslon i ploču s lijeve strane. Nekim često korištenim elementima možete pristupiti iz " padajućeg izbornika^{(drop-down menu)} " na lijevoj ploči. Ako želite pristupiti svim elementima, jednostavno kliknite na “ drugo^(other) ” u padajućem izborniku i softver će pokrenuti periodni sustav^{(Periodic Table)} . Element koji odaberete iz periodnog^{(Periodic Table)} sustava bit će dostupan na padajućem popisu.

Koraci za crtanje kemijskog spoja:

1. Odaberite^(Select) element s padajućeg izbornika na lijevoj ploči i kliknite na crni zaslon da ga dodate.
2. Sada odaberite drugi element s padajućeg izbornika.
3. Pritisnite i držite lijevi klik miša i povucite ga do prvog elementa kako biste ga povezali kemijskom vezom. Također možete odabrati vrstu kemijske veze, jednostruku, dvostruku ili trostruku.

Na alatnoj traci softvera nalaze se različiti gumbi:

• Alat za crtanje^{(Draw tool)} : omogućuje vam crtanje različitih molekularnih spojeva.
• Alat za navigaciju^{(Navigation tool)} : Koristeći ga, možete pomicati, rotirati, povećavati i umanjiti molekularni model.
• Alat za manipulaciju usredotočenom^{(Bond centric manipulation tool)} na vezu : Odaberite ovaj alat i kliknite na bilo koju od veza za prikaz kuta.
• Alat za automatsku rotaciju^{(Auto rotation tool)} : Odaberite ovaj alat i kliknite na gumb “ Start ”. Sada pritisnite i držite lijevi klik miša i povucite ga u bilo kojem smjeru. Otpustite lijevi klik i molekularni model će se automatski početi rotirati.

Ako želite automatski promijeniti veličinu veze spojeva, idite na " Extensions > Optimize Geometry " ili pritisnite " Ctrl+Alt+O ". Da biste izračunali energiju, idite na " Extensions > Molecular Mechanics > Calculate Energy ".

Spremanje datoteke^{(Saving the File)} : možete spremiti svoj projekt u više formata, uključujući  PDB, ENT, CHM, ALC, CDXML, CDX, C3D2, C3D1, SD, SDF, DMOL, CHT, GAM . Osim toga, dostupna je i opcija izvoza pomoću koje možete spremiti svoj projekt u  PDF, SVG, BMP, JPG, PNG itd.

2] MoluCAD

MoluCAD  je još jedan besplatni besplatni softver za molekularno modeliranje na ovom popisu. Kao i Avogadro , također dolazi s puno značajki. U ovom softveru možete vidjeti i 2D i 3D pogled u susjedstvu. Neki često korišteni elementi dostupni su na lijevoj ploči softvera. Da biste ga dodali u glavni prostor, jednostavno kliknite na bilo koji od elemenata. Ako element koji želite dodati tamo nije dostupan, možete ga odabrati iz periodnog^{(Periodic Table)} sustava . Da biste vidjeli periodni sustav^{(Periodic Table)} , desnom tipkom miša kliknite crni prostor i kliknite gumb " Dodaj atom^{(Add Atom)} ".

Koraci za crtanje kemijskog spoja:

1. Kliknite^(Click) na bilo koji od elemenata na lijevoj ploči da biste ga dodali.
2. Kliknite^(Click) na drugi element da ga dodate ili ga možete odabrati iz periodnog^{(Periodic Table)} sustava .
3. Da biste spojili elemente, idite na " Add > Bonds – Connect Atoms " i odaberite vrstu kemijske veze. Sada kliknite na prvi atom, a zatim kliknite na drugi.

Osim elemenata, možete dodati i spojeve. Na desnoj ploči pronaći ćete različite  molekule, aminokiseline, funkcionalne skupine, usamljeni par atoma^{(molecules, amino acids, functional groups, lone pair atoms)} , itd. Odaberite bilo koju strukturu i povucite je i ispustite u glavni prostor. Energiju molekula možete izračunati klikom na " Energy > Evaluate Energy ".

Pomoću izbornika “ Query ” možete izračunati  udaljenost između dva atoma, duljinu veze, kut veze, kut torzije, središte mase^{(distance between two atoms, bond length, bond angle, torsion angle, the centre of mass)} , itd. Možete vidjeti 3D strukturu u četiri različita prikaza,  odozgo, sprijeda, sa strane i kosi^{(top, front, side, and oblique)} . Idite na " View > Graphics Mode " da biste vidjeli model u različitim oblicima, kao što su  lopta i štap, popunjavanje prostora, cijevi^{(ball & stick, space fill, pipes)} i još mnogo toga.

Spremanje datoteke^{(Saving the file)} : Projekt možete spremiti u MCD formatu. Ako koristite opciju “ Izvoz^(Export) ” u izborniku “ Datoteka^(File) ”, svoj projekt možete spremiti u  JPEG  i  Windows BITMAP  formatima.

3] ArgusLab

ArgusLab  je još jedan user-friendly softver za molekularno modeliranje koji dolazi s lako razumljivim značajkama. Pomoću ovog softvera možete stvoriti strukturu različitih kemijskih spojeva. Na lijevoj ploči softvera, dostupne su tri kartice:

• Atomi^(Atoms) : Ova kartica sadrži različite elemente periodnog^{(Periodic Table)} sustava . Klikom na svaki atom, softver prikazuje njegovu geometriju. Kliknite^(Click) na gumb " Periodni sustav^{(Periodic Table)} " za pokretanje periodnog^{(Periodic Table)} sustava .
• Prstenovi^(Rings) : Ovdje ćete dobiti različite vrste kemijskih struktura prstena.
• Amino kiseline^{(Amino Acids)} : Ova kartica prikazuje različite vrste aminokiselina. Na ovoj kartici je također dostupan " Polypeptide Builder ".

Koraci za crtanje kemijskog spoja:

1. Kliknite karticu " Atom " na lijevoj ploči da dodate element.
2. Odaberite^(Select) bilo koji od dostupnih elemenata. Ako vaš željeni element nije tamo, možete ga odabrati iz " Periodnog^{(Periodic Table)} sustava ".
3. Desnom^(Use) tipkom miša postavite element na predviđeni prostor.
4. Odaberite^(Select) drugi element. Sada odaberite zadnji element pomoću lijevog klika i postavite drugi element desnim klikom. To će spojiti dva elementa i formirati spoj.
5. Za dodavanje prstenova i aminokiselina u prostor, slijedite iste korake.

4] Ascalaph Designer

Ascalaph Designer  je još jedan dobar besplatni softver za molekularno modeliranje. Najbolji dio softvera je to što ga ne morate instalirati na svoje računalo. Dolazi s izvršnom datotekom. Softver će se preuzeti u zip formatu. Nakon što je raspakirate, pronaći ćete izvršnu datoteku u mapi “ bin ”.

Koraci za crtanje kemijskog spoja:

1. Pritisnite “ Ctrl+N ” za početak novog projekta.
2. Da biste dodali elemente, morate otvoriti periodni sustav^{(Periodic Table)} . Za to idite na " Build > Free Drawing ".
3. Odaberite^(Select) bilo koji od elemenata i stavite ih u prostor pritiskom na tipke “ Ctrl+Shift ”.
4. Postavite drugi element koristeći gornji korak i povucite ga do posljednjeg elementa kako biste ga povezali kemijskom vezom.

Možete vidjeti svaki spoj u različitim oblicima kao što su  lopta i štap, žičani okvir, CPK^{(ball and stick, wireframe, CPK)} , itd., klikom na gumbe na desnoj ploči. Kada odaberete bilo koji element iz periodnog^{(Periodic Table)} sustava , on vam prikazuje dodatne informacije kao što  su naziv elementa, hibridizacija, kovalentna i Van Der Waalsova sila privlačenja^{(element name, hybridization, covalent, and Van Der Waals forces of attraction)} . Kliknite na izbornik “ Analiza^(Analyze) ” da izvršite različite izračune, uključujući  energiju, temperaturu, tlak, dipolni moment^{(energy, temperature, pressure, dipole moment)} itd.

Spremanje datoteke^{(Saving the file)} : svoj projekt možete spremiti samo u njegovim vlastitim formatima, uključujući  mim, hin, xmol ,  mmol, smol,  itd. Ovo je nedostatak ovog besplatnog softvera.

Nadamo se da vam je ovaj post bio koristan za vaše školske i fakultetske projekte.

Best free Molecular Modeling software for Windows 10

In this article, we will cover the best free Molecular Modeling software for Windows 10 PC. Using these freeware, you can create models of various simple to complex chemical compounds. This software collection is helpful for the students of bioinformatics, chemical engineering, etc. You can add different elements from the Periodic Table to form a chemical compound. Moreover, in these software, you can also view a chemical compound in different styles, like wireframe, ball and stick, pipes, ball and cylinder, and more.

Molecular Modeling software for Windows 10

Some of these software also include different chemical groups and structures for your convenience. Simply select them, and your chemical model is ready. Examples of chemical groups include alcohols, benzene, aldehydes, amino acids, etc. Apart from that, you can also do chemical calculations like energy, bond length, etc.

1. Avogadro
2. MoluCAD
3. ArgusLab
4. Ascalaph Designer

Let us take a look at them.

1] Avogadro

 Avogadro is an excellent molecular modeling freeware that comes with plenty of features. Its user-friendly interface makes it easy to understand for the users. On launching the software, you will see a black screen and a panel on the left side. You can access some commonly used elements from the “drop-down menu” on the left panel. If you want to access all the elements, simply click on “other” in the drop-down menu, and the software will launch the Periodic Table. The element which you select from the Periodic Table will be available in the drop-down list.

Steps to draw a chemical compound:

1. Select an element from the drop-down menu on the left panel and click on the black screen to add it.
2. Now, select another element from the drop-down menu.
3. Press and hold the left click of the mouse and drag it to the first element to connect it with a chemical bond. You can also select the type of chemical bond, single, double, or triple.

There are different buttons on the toolbar of the software:

• Draw tool: It lets you draw different molecular compounds.
• Navigation tool: Using it, you can move, rotate, zoom in and zoom out the molecular model.
• Bond centric manipulation tool: Select this tool and click on any of the bonds to view the angle.
• Auto rotation tool: Select this tool and click on the “Start” button. Now, press and hold the left click of the mouse and drag it in any direction. Release the left click, and the molecular model will start rotating automatically.

If you want to resize the bond length of compounds automatically, go to “Extensions > Optimize Geometry” or press “Ctrl+Alt+O.” To calculate the energy, go to “Extensions > Molecular Mechanics > Calculate Energy.”

Saving the File: You can save your project in multiple formats, including PDB, ENT, CHM, ALC, CDXML, CDX, C3D2, C3D1, SD, SDF, DMOL, CHT, GAM. Apart from this, an export option is also available, using which you can save your project in PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, etc.

2] MoluCAD

MoluCAD is another free molecular modeling freeware in this list. Like Avogadro, it also comes with a lot of features. In this software, you can view both 2D and 3D views adjacently. Some commonly used elements are available on the left panel of the software. To add it to the main space, simply click on any of the elements. If the element you want to add is not available there, you can select it from the Periodic Table. To view the Periodic Table, right-click on the black space and click on the “Add Atom” button.

Steps to draw a chemical compound:

1. Click on any of the elements on the left panel to add it.
2. Click on another element to add it, or you can select it from the Periodic Table.
3. To connect the elements, go to “Add > Bonds – Connect Atoms” and select the type of chemical bond. Now click on the first atom and then click on the second one.

Apart from elements, you can also add compounds. On the right panel, you will find different molecules, amino acids, functional groups, lone pair atoms, etc. Select any structure and drag and drop it to the main space. You can calculate the energy of the molecules by clicking on “Energy > Evaluate Energy.”

Using the “Query” menu, you can calculate the distance between two atoms, bond length, bond angle, torsion angle, the centre of mass, etc. You can view the 3D structure in four different views, top, front, side, and oblique. Go to “View > Graphics Mode” to view the model in different forms, like ball & stick, space fill, pipes, and more.

Saving the file: You can save the project in MCD format. If you use the “Export” option in the “File” menu, you can save your project in JPEG and Windows BITMAP formats.

3] ArgusLab

ArgusLab is another user-friendly molecular modeling software that comes with easy to understand features. Using this software, you can create the structure of different chemical compounds. On the left panel of the software, three tabs are available:

• Atoms: This tab contains different elements of the Periodic Table. On clicking each atom, the software displays its geometry. Click on the “Periodic Table” button to launch the Periodic Table.
• Rings: Here, you will get different types of chemical ring structures.
• Amino Acids: This tab shows different types of amino acids. In this tab, “Polypeptide Builder” is also available.

Steps to draw chemical compound:

1. Click on the “Atom” tab on the left panel to add an element.
2. Select any of the available elements. If your desired element is not there, you can select the same from the “Periodic Table.”
3. Use right-click to place the element on the space provided.
4. Select another element. Now, select the last element using the left-click and place the other element by using the right-click. This will join the two elements and form a compound.
5. To add rings and amino acids in the space, follow the same steps.

4] Ascalaph Designer

Ascalaph Designer is one more good molecular modeling freeware. The best part of the software is that you need not install it on your PC. It comes with an executable file. The software will be downloaded in zip format. After extracting it, you will find the executable file in the “bin” folder.

Steps to draw a chemical compound:

1. Press “Ctrl+N” to start a new project.
2. To add elements, you have to open the Periodic Table. For this, go to “Build > Free Drawing.”
3. Select any of the elements and place them in the space by pressing the “Ctrl+Shift” keys.
4. Place another element using the above step and drag it to the last element to connect them with a chemical bond.

You can view every compound in different forms like ball and stick, wireframe, CPK, etc., by clicking on the buttons on the right panel. When you select any element from the Periodic Table, it shows you additional information like element name, hybridization, covalent, and Van Der Waals forces of attraction. Click on the “Analyze” menu to perform different calculations, including energy, temperature, pressure, dipole moment, etc.

Saving the file: You can save your project only in its own formats, including mim, hin, xmol, mmol, smol, etc. This is the demerit of this freeware.

We hope you found this post useful for your school and college projects.

Related posts

• Najbolji besplatni softver za skeniranje crtičnog koda za Windows 10

• Najbolji besplatni softver za simulaciju kruga za Windows 10

• Najbolji besplatni softver za udaljenu radnu površinu za Windows 10

• Najbolji besplatni softver za mapiranje drona za Windows 10

• Najbolje aplikacije za IP kameru za Windows 10 PC i Android telefon

• Najbolji besplatni softver File Splitter and Joiner za Windows 10

• Najbolji besplatni softver Window Manager za Windows 10

• Najbolji besplatni ISO snimači za Windows 10

• Najbolji besplatni alati za pretvaranje ePub u PDF za Windows 10 PC

• Najbolji besplatni softver za crtanje za Windows 10 koji će istaknuti umjetnika u vama

• Balabolka: Prijenosni besplatni pretvarač teksta u govor za Windows 10

• ClickChart je besplatni softver za dijagrame i dijagrame toka za Windows 10

• Najbolje besplatne aplikacije za pisanje poezije i citata za Windows 10

• Alternativni alati za Windows pretraživanje za Windows 10

• Napravite jednostavne bilješke uz PeperNote za Windows 10

• Najbolji besplatni softver za udaljenu radnu površinu za Windows 10

• Najbolji softver za TV tuner za Windows 10 PC

• Kako urediti ili promijeniti informacije o sustavu u sustavu Windows 10

• Najbolji besplatni alati za praćenje bugova za Windows 10

• Geek Uninstaller – prijenosni sve-u-jednom deinstalacijski program za Windows 10